超神基因女主角为什么背叛？

没有背叛，他留在了方舟里。根据小说《超神基因》的简介，超神基因的女主角并没有背叛。为了保护方舟和地球的安全，她毅然决定留在方舟上，与敌人展开了激烈的战斗。超神基因由奇幻小说《十二翼黑暗炽天使》发行。